Giá trị của một phân tích chi phí-lợi ích phụ thuộc vào tính chính xác của các ước tính chi phí cá nhân và lợi ích. Nghiên cứu so sánh cho thấy rằng ước tính này thường bị mắc lỗi, ngăn chặn những cải tiến trong Pareto và hiệu quả Kaldor-Hicks [cần dẫn nguồn]. Nguyên nhân của những điều không chính xác bao gồm [cần dẫn nguồn]:

1. Phụ thuộc quá nhiều vào dữ liệu từ các dự án trong quá khứ (thường khác nhau rõ rệt về chức năng hoặc kích cỡ và mức độ kỹ năng của các thành viên trong nhóm)
2. Sử dụng ấn tượng chủ quan của các thành viên trong nhóm đánh giá
3. Bất lịch sự sử dụng heuristics để lấy được tiền chi phí của các yếu tố phi vật thể
4. Xác nhận thiên vị trong số những người ủng hộ dự án (vì lý do tiến hành)

Tham khảo dự báo lớp được phát triển để tăng độ chính xác trong dự toán chi phí[28]

Các nhóm lợi ích có thể bao gồm hoặc loại trừ các chi phí đáng kể từ một phân tích ảnh hưởng kết quả.

Trong trường hợp của Ford Pinto (ở đâu, bởi vì các lỗ hổng thiết kế, Pinto đã chịu bật lửa trong một vụ va chạm phía sau tác động), quyết định của công ty không phát hành thu hồi. Phân tích chi phí - lợi ích của Ford đã ước tính rằng dựa trên các số xe ô tô sử dụng và tai nạn các tỷ lệ có thể xảy ra, tử vong do các lỗ hổng thiết kế sẽ chi phí nó khoảng 49,5 triệu đô-la để giải quyết vụ kiện sai trái chết so với thu hồi chi phí là 137,5 triệu USD. Ford bị bỏ qua (hoặc được coi là không đáng kể) chi phí của tiêu cực công khai rằng sẽ cho kết quả, buộc thu hồi và bị hư hỏng bán hàng [29]

Trong kinh tế y tế, một số nhà phân tích cho rằng phân tích chi phí - lợi ích có thể là một biện pháp không đủ bởi vì sẵn sàng trả các phương pháp xác định giá trị của đời sống con người có thể bị ảnh hưởng bởi mức thu nhập. Họ hỗ trợ sử dụng các biến thể như phân tích chi phí tiện ích và điều chỉnh chất lượng cuộc sống năm để phân tích những tác động của chính sách y tế [cần dẫn nguồn].

Trong quy định về sức khỏe môi trường và nghề nghiệp, nó đã được lập luận rằng nếu các chi phí - lợi ích phân tích hiện đại đã được áp dụng prospectively quyết định như loại bỏ chì từ xây dựng, xăng dầu Hoover Dam Grand Hotel Canyon và quy định tiếp xúc của người lao động [[vinyl chloride, họ sẽ không được thực hiện mặc dù họ được coi là rất thành công khi nhìn lại.[30] Các Đạo luật Không khí sạch đã được trích dẫn trong các nghiên cứu hồi cứu như là một trường hợp mà lợi ích vượt quá chi phí, nhưng kiến ​​thức về những lợi ích (do phần lớn những lợi ích của việc giảm hạt ô nhiễm.) là không có sẵn cho đến nhiều năm sau đó [30]